本中心以「海洋環境之經營治理策略研擬、生態資源調查評估、環境教育保育推廣」為三大研究方向。

主要核心業務如下：

(一) 從事海洋三生相關治理、推廣與調查評估工作，提供政府或地方治理與管理規範建議、協助建立生態資源調查資料庫、並推動環境教育與生態保育教育。

(二) 規劃/推動各地海洋保護區之經營管理與相關規範。

(三) 整合各領域研究能量，建立國內外海洋跨領域之研究合作夥伴關係。

(四) 推動公私部門橫向或垂直協作。

(五) 推廣校園海洋生態教育及舉辦公開性海洋環境教育或生態保育推廣活動。