屏東縣琉球鄉原具豐富魚類資源與高珊瑚覆蓋率，但受漁業、觀光及氣候變遷影響，亞潮帶生態已明顯退化。本計畫透過珊瑚復育（苗圃移植、藻類刮除）與多面向調查，評估生態現況並提出管理建議。

• 珊瑚復育與底棲調查:本年度於杉福漁港與龍蝦洞完成151株珊瑚移植，杉福存活率顯著較高；龍蝦洞受颱風與藻類覆蓋影響，成效不佳。附苗板調查亦顯示杉福較適合復育。整體珊瑚覆蓋率為4.12%–32.88%，藻類覆蓋率高達48.76%–86.88%，顯示藻類競爭強烈。多數樣點以團塊形珊瑚為主，結構單一，反映生態功能退化。所有樣站均未達「健康」狀態，多數屬「衰退」或「失能」。                                
• 魚類調查:共記錄43科243種魚類，但整體數量下降、體型偏小（平均<8 cm），單位面積生物量低。優勢魚種以小型魚類為主，重要功能性魚類不足，顯示生態失衡，且觀察到頻繁漁撈行為（魚槍、刺網）。      
• 藻類與海草調查:共記錄62種大型藻類，以綠藻與紅藻為主，具明顯季節與空間差異。藻類刮除試驗效果有限，顯示高營養鹽與草食魚不足仍為主要問題。亞潮帶未發現海草族群；海草移植建議選擇低海膽、淤砂較厚區域，並改用耐衝擊材料。             
• 整體評估:珊瑚覆蓋率低、魚類密度下降且體型小，與藻類過度生長、人為干擾及不當漁撈相關，形成生態惡性循環。                                                                                                                                                                         
• 管理建議:

1. 珊瑚保育：改善水質、降低營養鹽、限制遊憩干擾，優先保護杉福與蛤板灣等穩定區域。
2. 漁業管理：規範漁獲體型與漁具、減少小型魚捕撈，加強執法。
3. 空間管理：劃設核心保護區（no-take zone），嚴格限制漁撈與遊憩活動。
4. 復育策略：復育須搭配環境改善（如控制藻類與污染），否則成效有限。

    綜上，小琉球需強化保護區管理與長期監測，才能恢復珊瑚礁與魚類資源。