本年度調查顯示，小琉球珊瑚礁生態持續退化，九處樣區硬珊瑚覆蓋率僅2.76%～44.76%，多數測站屬於「衰退」或「失能」狀態，且大型藻類覆蓋率普遍偏高。珊瑚復育方面，雖於杉福及中澳移植221株珊瑚，但受高溫、颱風及藻類快速覆蓋影響，大量移植珊瑚出現白化現象，顯示在環境條件未改善前，單靠復育難以有效提升整體珊瑚資源，應優先加強環境管理與現有珊瑚保護。

魚類調查共記錄34科218種魚類，以小型雀鯛科及隆頭魚科為優勢族群，各樣點魚體普遍偏小，且魚類物種數、個體數及生物量相較往年呈下降趨勢，鸚哥魚、石斑魚等重要指標魚類亦持續減少，反映魚類資源衰退及生態平衡失衡。

水質調查部份顯示，除美人洞外，多數潮間帶樣點皆出現優養化現象，肚仔坪、杉福等地受人為營養鹽污染最為明顯，且污水處理設施對部分營養鹽去除效果有限。綜合分析指出，高營養鹽濃度與珊瑚覆蓋率下降及魚類資源衰退具有關聯性，顯示營養鹽污染為小琉球生態劣化的關鍵因素。建議加強污水源頭管理、排水系統改善、遊憩與漁撈行為管理，以減輕人為壓力並促進珊瑚礁生態復原。